中醫內科學教育部重點實驗室（北京中醫藥大學）和北京市重點實驗室（中醫內科學）是以中醫、中西醫結合基礎和臨床應用基礎研究、中醫藥現代化研究為主的實驗基地。該實驗室的前身是北京中醫藥大學東直門醫院的氣血研究實驗室、中醫腦病研究室和部分基礎實驗室人員于1998年聯合建設成為“211工程”的學校級重點學科實驗室，該實驗室于2001年申報教育部重點實驗室和北京市普通高校重點實驗室，在2002年獲批準而成為教育部第一個進行中醫藥科學研究的重點實驗室和北京市的重點實驗室。2005年9月國家教育部又對全國48個從事生命科學研究的部級重點實驗室進行評估，在此次評估中，中醫內科學教育部重點實驗室被評為建設良好級實驗室。

中醫內科學教育部重點實驗室（北京中醫藥大學）和北京市重點實驗室（中醫內科學）首屆主任是從事中西醫結合心血管疾病應用基礎研究的王碩仁研究員。實驗室學術委員會由我國著名的中西醫結合專家陳可冀院士任主任委員，我國著名的中醫專家王永炎院士、我國著名的病理生理學專家唐朝樞教授任副主任委員，另有10名我國中醫學、中藥學和中西醫結合專家任委員。實驗室現共有科研人員32人，其中高級研究技術人員24人，他們分別組成了對腦病、心血管病、病毒類疾病、糖尿病并發癥和腫瘤抗化療耐藥性研究的5個團隊。

目前實驗室的儀器設備總價值為1078.48萬元，擁有兩千多平方米的實驗空間。

近5年來，中醫內科學教育部重點實驗室積極參加了國家科技部九五、十五、十一五計劃中的973和863科學研究、主持承擔了國家自然科學基金科研課題；獲得國家科技進步二等獎1項，教育部科技進步一等獎3項，中華中醫藥學會科學技術一等獎1項；新藥轉讓2項，獲專利1項，出版專著2部，發表論文254篇，被SCI收錄19篇，CA收錄23篇，ISTP收錄8篇。

在《清開靈注射液多環節阻抑腦缺血級聯反應藥效物質與作用機理研究》中，腦病研究團隊從腦中風多環節病理過程去設計藥理靶點、進行清開靈注射液有效組分篩選、組成新方，并建立中藥指紋圖譜與病理多環節藥理分析相結合的模式，突破以臨床經驗積累作為研制中藥新藥的單一模式，并有別于現代“洋中藥”的設計。2004年該研究分別獲得國家教育部和中華中醫藥學會科技進步一等獎。

在中醫虛證的研究中，實驗室的心血管病研究團隊在以往20年工作的基礎上，創新性地建立了大鼠心肌梗死心力衰竭心氣虛病證模型及其評價方法，對該心氣虛證候的時相性、功能性和相關組織結構，進行了包括整體、組織、細胞和基因水平的研究，該研究于2004年分別獲得教育部、北京市科技進步一等獎和二等獎。

目前，中醫內科學教育部重點實驗室已培養出博士研究生、碩士研究生30余人、博士后5名。接受多家外單位研究人員、研究生在中醫內科學教育部重點實驗室工作。同時中醫內科學教育部重點實驗室也與國內外的一些著名大學或醫院實驗室保持著長期協作研究的聯系，如哈佛大學醫學院心血管病實驗室、曼徹斯特大學神經科學中心、中國中醫科學院、北京師范大學、北京市中醫醫院、北京中醫藥研究所、衛生部中日友好醫院等。

中醫內科學教育部重點實驗室和北京市重點實驗室在今后的研究工作中，將力求扎扎實實地建立并有效實現實驗室管理的現代化、規范化，走學術建設之路、技術建設之路，開放之路，將中醫內科學教育部重點實驗室（北京中醫藥大學）和北京市重點實驗室（中醫內科學）建設成為我國的從事生命科學研究的著名、可靠的中醫科研基地。